Det finns en distinct kommando i mongodb, som kan användas i samband med en fråga. Men jag tror att detta bara returnerar en distinkt lista med värden för en specifik nyckel som du namnger (dvs. i ditt fall skulle du bara få id-värdena returnerade) så jag är inte säker på att detta kommer att ge dig exakt vad du vill ha om du behöver hela dokumenten - du kan behöva MapReduce istället.
Dokumentation på distinct:http://www.mongodb.org/display/DOCS/Aggregation#Aggregation-Distinct