Det verkar som att ovanstående kod inte skulle fungera. Det borde inte ens ha fungerat för det första exemplet jag gav.
Till slut fick jag stöd av det här svaret här:MongoDB, ta bort objekt från array
Här är min arbetskod:
userAccounts.update(
{ userId: usr.userId },
{
$pull: {
connections: { _id : connId }
}
},
{ safe: true },
function removeConnectionsCB(err, obj) {
// ...
}
);