Försök med följande fråga:
collection.update(
{ _id: id },
{ $pull: { 'contact.phone': { number: '+1786543589455' } } }
);
Den kommer att hitta dokument med det givna _id och ta bort telefonen +1786543589455 från dess contact.phone array.
Du kan använda $unset för att avaktivera värdet i arrayen (ställ det till null ), men inte för att ta bort den helt.