Varför använda ett Subselect? INSERT INTO ... SELECT finns:
INSERT INTO crawlLog (companyId, timeStartCrawling)
SELECT companies.id, NOW()
FROM companies
LEFT OUTER JOIN crawlLog
ON companies.id = crawlLog.companyId
WHERE crawlLog.companyId IS NULL
LIMIT 1
Och på så sätt ska den inte klaga på att använda en tabell både i INSERT- och SELECT-delen