Ok, jag tror att ditt problem är att du använder AJAX för att ladda ner filen.
Det är inte möjligt att ladda ner filer med AJAX (eller snarare - JS) på ett normalt sätt. Du vet, det finns ett för stort hål för utnyttjande för att tillåta det (tror jag det) - det finns i alla fall ingen sådan möjlighet.
Det finns dock lösningar. En av dem är att skapa dold iframe dynamiskt på sidan och sedan ändra dess plats till ditt nedladdningsskript. Då använder du inte JS för att ladda ner, utan vanliga webbläsarfunktioner.
Ett annat sätt beskrivs på denna sida:
http://www.filamentgroup.com/lab/jquery_plugin_for_requesting_ajax_like_file_downloads/
Det kanske kommer att vara till hjälp för dig.