Jag tror att lösningen är att göra detta till en före trigger och uppdatera själva posten som infogas innan den infogas.
Så
CREATE
/*!50017 DEFINER = 'admin'@'%' */
TRIGGER `trigger_liability_detail_after_insert` BEFORE INSERT ON `liability_detail`
FOR EACH ROW BEGIN
DECLARE SortOrder INT;
IF NEW.liability_category_id = 1 OR NEW.liability_category_id = 2 THEN
SET NEW.seq = 1 + IFNULL((SELECT MAX(seq) FROM liability_detail WHERE analysis_id = new.analysis_id AND liability_category_id IN (1, 2)), 0);
END IF;
END;
$$
Det var en snabb kopiering/klistra in, men det borde vara något i den stilen.