Du skrev en bra och smart fråga för att generera dessa radnummer, en som undviker en rörig lösning med sessionsvariabler. För att göra uppdateringen går du bara med i dina bomitems
till denna fråga:
UPDATE bomitems t1
INNER JOIN
(
SELECT
t.ID,
t.Parent,
(SELECT COUNT(*) FROM bomitems AS x WHERE x.id <= t.id AND x.Parent = t.Parent) AS Counter
FROM bomitems t
) t2
ON t1.ID = t2.ID
SET t1.Counter = t2.Counter;
Jag testade den här frågan på min lokala MySQL Workbench och den verkar fungera.