Har du ont om minne när du gör en stor fråga?

Förutsatt att du använder MySQL Connector/J-drivrutinen från MySQL tror jag att lösningen finns i denna manualsida (märk parameter 1 i Connection::createStatement() ):

stmt = conn.createStatement(java.sql.ResultSet.TYPE_FORWARD_ONLY,
              java.sql.ResultSet.CONCUR_READ_ONLY);
stmt.setFetchSize(Integer.MIN_VALUE);