Det beror på vilken lagringsmotor du använder. MyISAM-tabeller stöder inte klustrade index, så primärnycklar på MyISAM-tabeller är inte klustrade. Den primära nyckeln på en InnoDB-tabell är dock klustrad.
Du bör se MySQL-manualen för ytterligare information om för- och nackdelar med varje lagringsmotor.
Du måste ha en primärnyckel; om du inte skapar en själv kommer MySQL att skapa en dold åt dig. Du kan alltid bara skapa ett AUTO_INCREMENT-fält för primärnyckeln (det är att föredra framför att MySQL har dolda fält i din tabell, tror jag).