Problemet var inte att bordet var korrupt. När du gör en grupp av, skapar mysql en tillfällig tabell. Eftersom bordet är så stort tar det tillfälliga bordet mer än 10 GB diskutrymme. Felmeddelandet visas när disken blev 100% full.
Jag använde kommandot för att kontrollera diskutrymmet:
df -h /dev/root
Så i MySQL-konfigurationen (my.ini) ändrade jag platsen (tmpdir) där de temporära tabellerna är lagrade till en partition med tillräckligt med ledigt diskutrymme.
nu körs frågan framgångsrikt