Att köra en mysql-fråga från phpmyadmin ändrade bara 1 post. Testade ssh men samma problem

Din SELECT-fråga saknar en GROUP BY-sats. Du menar förmodligen:

INSERT INTO appfilter2 
SELECT userapps.name, GROUP_CONCAT(CONCAT(userapps.activity, '/',userapps.class)) AS activity 
FROM userapps
GROUP BY userapps.name