Ta en lista med stoppord (icke-sökord) härifrån, killen har till och med formaterat dem i php åt dig.http://armandbrahaj.blog.al/2009/04/14/list-of-english-stop-words/
Gör sedan helt enkelt en preg_replace på strängen du indexerar.
Vad jag har gjort tidigare är att ta bort suffix som 's', 'ed' etc med regex och använda samma regex på söksträngen. Det är dock inte idealiskt. Detta var för en grundläggande webbplats med bara 200 sidor.
Om du är orolig för prestanda kan du överväga att använda en sökmotor som Lucine (solr) istället för en databas. Detta kommer att göra indexeringen mycket enklare. Du vill inte uppfinna hjulet på nytt här.