Så det slutade med att jag använde fputcsv för att lägga data jag ändrade i en ny CSV-fil, sedan använde jag kommandot LOAD DATA INFILE för att lägga in data från den nya csv-filen i tabellen. Detta ändrade det från att ta 120 sekunder för 1000 poster till att ta cirka 10 sekunder att göra 10 000 poster. Tack till alla som svarat.
