Här är ett enkelt MySQL-regex som tillåter vissa tecken mellan grupperingar av siffror.
SELECT telephone_number
FROM table
WHERE telephone_number REGEXP '^1[() -]*999[() -]*999[() -]*9999$';
Detta matchar dina poster men formaterar inte dem så att de div. tecken tas bort, men du kan åtminstone hitta de poster som matchar numret i fråga.
Du kan enkelt fixa formateringen genom att ändra detta till en uppdateringssats.