Jag antar att du adresserar tabellnamnen med versaler, vilket fungerade i Windows men inte längre fungerar på Linux på grund av skiftlägeskänslighet.
Du kunde byta namn på varje databas. Men om du har tillgång till mySQL-konfigurationen bör du också kunna ställ in --lower-case-table-names till 1
.
Jag har ingen erfarenhet av alternativet, men enligt manualen gör det att mySQL beter sig skiftlägesokänsligt mot tabeller, vilket det gör som standard på Windows.