Kopiera data från en tabell till en annan med specifika villkor

Din VÄNSTER JOIN med villkoret consignment.id >id1 håller på att skapa en katesisk produkt. Vad du förmodligen vill är att bara infoga rader med ett högre id från källtabellen än den högsta id1 i destinationstabellen. Du bör använda en SELECT MAX(id) underfråga istället:

SELECT [..]
FROM  `eamglo5_singaporelive`.`consignment` 
WHERE `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.`processed`=1 
  and `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.date_booked>'2018-07-17'
  and `eamglo5_singaporelive`.`consignment`.id > (
     SELECT MAX(id1) FROM eamglo5_billingsystem.`consignment`
  )