Hur ersätter man NULL med 0 i frågan?

Du behöver inte slå in den med en annan CASE/COALESCE/IFNULL eller något, använd bara CASE EXPRESSION ELSE , om alla villkor inte är uppfyllda, ELSE kommer att användas.

UPDATE users 
           SET reputation = reputation +
                            CASE WHEN id = ? THEN 2
                                 WHEN id = ? AND NOT ? THEN 15
                                 ELSE 0
                            END
          WHERE id IN (?, ?);