Försök att utföra en REPAIR på tabellen du just har lagt till dem i, för att (åter)bygga fulltextindexen:
REPAIR table foo
Observera också att fulltext bara fungerar på varchar eller textkolumner. Som en sista utväg skulle jag försöka starta om MySql.
Följande sida täcker nästan allt:
http://dev.mysql.com/doc /refman/5.1/en/fulltext-fine-tuning.html
Hoppas det hjälpte.