Det har rapporterats några problem med dålig prestanda för RDS av människor. Även om Amazon så vitt jag har sett inte har erkänt dessa problem.
RDS (som bara är en anpassad version av mysql) använder ESB för lagringsbackend, och som jag är säker på att du är väl medveten om felet de just hade med den tjänsten.
Jag har läst många företag som bara kör sina egna mysql DB:er i EC2-instanser eftersom det har visat sig ha mer tillförlitlig prestanda.