Trots dokumentationen som säger att tomma poster mappas till värdet 0 , LOAD DATA INFILE hanterar faktiskt inte tomma poster. De måste antingen ha ett värde som passar kolumnens datatyp, eller så måste sekvensen \N för att beteckna NULL.
Se bugg http://bugs.mysql.com/bug.php?id=64603
För att fixa detta kan du ersätta \N för tomma poster med ett sed-kommando (eller vilket motsvarande textersättningsverktyg du än använder i Windows).
Se även MySQL ladda NULL-värden från CSV-data