"Root"-användaren för MySQL är INTE densamma som root-användaren för att logga in på datorn, så det bör inte finnas några biverkningar förutsatt att du GER de rätta rättigheterna till mysql-användaren på produktionsservern.
Det är användaren som nämns i
$ mysql -u user -p password db_name
som kunde dela ett namn med en användare som är inloggad på datorn, men behöver inte.
EDIT:notera - en vanlig användare kan starta mysql som root om rätt lösenord används i kommandot ovan. Detta kommer inte att vara detsamma som roots lösenord, om du förstår vad jag menar.
Om det inte är klart bör du definitivt bekanta dig med innebörden av "root" i ett MySQL-sammanhang.