Detta är bara en fråga om att uppdatera motsvarande kolumn.
Beroende på ... hum ... ditt humör (?) kan du prova:
update tbl set datetime_column = substr(datetime_column, 1, 16);
Eller
update tbl set datetime_column = date_format(datetime_column, '%Y-%m-%d %H:%i:00');
Eller
update tbl set datetime_column = datetime_column - second(datetime_column);