UPDATE messages
SET s_deleted = IF(sender = :sender, 1, s_deleted),
r_deleted = IF(recipient = :recipient, 1, r_deleted)
WHERE id = :id
Som du kan se är "tricket" att helt enkelt ställa in en kolumn till dess befintliga värde när kriterierna inte uppfylls, så att den bara uppdateras när det behövs.