Det var förmodligen en korruption av InnoDB-data. Jag lade till
innodb_force_recovery = 2
till my.ini, startade om DB och jag kunde dumpa all data och återställa den.
Var medveten om att använda detta, läs dokumentationen innan: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/forcing-innodb-recovery.html