Jag tycker om att föreslå följande design (ungefär som din):
Först och främst kommer vi att ha tre bord
USER -- UserId, other fields
COMPANY -- CompanyId, other fields
PHONE -- PhoneId, PhoneNumber
Ha sedan två tabeller för att lagra relationen
COMPANY_PHONE -- CompanyId, PhoneId
USER_PHONE -- UserId, PhoneId