Om du har lämpliga behörigheter kan du göra det direkt i MySQL med LOAD DATA INFILE
kommando, se http://dev.mysql.com/ doc/refman/4.1/en/load-data.html
eller mysqlimport
verktyg, se http://dev.mysql.com/doc/ refman/4.1/en/mysqlimport.html
Båda metoderna låter dig specificera vilka kolumner data ska hamna i, till exempel:
LOAD DATA INFILE 'myfile.txt' INTO TABLE 'mytable' (col1, col2, col3, ...)
eller
mysqlimport --columns='col1,col2,...' tablename.csv
Om du tänker göra det från PHP bör du kunna läsa varje rad i CSV-filen och köra en lämplig SQL INSERT-fråga och namnge lämpliga kolumner (även om det inte kommer att vara lika effektivt som att göra det direkt i MySQL).
EDIT:Jag ska tillägga att du inte har nämnt vad du har försökt hittills eller vad du tycker är svårt; om du har fastnat för något speciellt, istället för att bara leta efter förslag på hur du ska göra det, vänligen uppdatera frågan för att säga det.