Det visar sig att Hibernate inte skapade anslutningstabell på grund av läkare primärnyckel utökar tillåten storlek. Det kunde dock skapa läkare enbart bord. Så för att fixa det var jag tvungen att begränsa id-storleken. Jag har bytt läkare ID så här:
@Id
@Column(length = 11)
@NotNull
private String pesel;
Och nu kan join-tabellen skapas av Hibernate.