Det verkar som om problemet inte finns i catalog_product_website tabell. Problemet i prisindextabellen, kanske finns det några gamla poster från tidigare version, som borde raderas. Jag skulle rekommendera dig att indexera om alla index. Den fullständiga omindexeringsprocessen rensar först indextabellen och sedan fyller den tabellen med data. Det borde hjälpa.
Om fullständig omindexering inte hjälper, är det möjligt att din delbetalning har moduler som följer prepare_catalog_product_price_index_table händelse, som ändrar omindexeringsval på ett sätt av ytterligare koppling som multiplicerar antalet rader med samma primärnyckel. Det kan också orsaka ett sådant fel.
Skål, Ivan