Eftersom förberedda uttalanden på serversidan är inaktiverad som standard från Connector/J 5.0.5 på , det finns en rimlig chans att kombinerat med introduktionen av fractional andra stöd i MySQL 5.6.4 de orsakar ditt problem.
Testa att lägga till useServerPrepStmts=false till din anslutningssträng (som också bör säkerställa att System.out.println skriver verkligen ut den SQL som exekveras och inte bara en uppskattning).