Stoppa först MySQL (och se till att inga MySQL-processer körs), ta bort ib_logfile*-filerna från mysql-datakatalogen och starta sedan MySQL igen. Det kommer sedan att återskapa dessa filer. Dessa är kommandona:
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
mv ib_logfile0 ~/
mv ib_logfile1 ~/
/etc/init.d/mysql start
Ovanstående flyttar loggfilerna till användarens hemmapp ifall vi skulle behöva återställa dem.