Tack vare kommentaren från @marcus-adams kom jag på det. Du måste använda '/qn', '/x' och '{installer:mysqlUninstallKey}' som separata argument i åtgärden 'Kör körbar eller batchfil' för install4j. Om du använder 1 argument med mellanslag så fungerar det inte. Med detta fungerar det på 32-bitars och 64-bitars.
