Trots att SQL är en standard är den inte tillräckligt full för att klara sig utan att varje serverprogramvara implementerar tillägg. Översättningen från MySQL till PostgreSQL är inte enkel, om inte ditt schema är trivialt. Automatiska översättningsskript kommer bara att ta dig så långt.
Det allra bästa sättet skulle vara att handöversätta schemat och sedan skriva dina egna överföringsskript för själva data. Du bör också skriva verifieringsskript för att se till att schemat och data kommer över korrekt.
Det här är inte ett polissvar. Om din databas är viktig nog att migrera så är det viktigt nog att spendera lite tid på dig själv. I slutändan skulle du spendera minst lika mycket tid på att ta reda på egenheter och subtila röror som ett automatiserat migreringsskript skulle orsaka som på att migrera data själv. Men om du gör det själv har du chansen att dra nytta av funktioner i PostgreSQL som inte finns i MySQL, samt chansen att göra de typer av förbättringar som bara kommer av att ha chansen att göra något en andra gång.
Bita i kulan och gör det.