Provade du #define HAVE_INT8_T (och liknande, jag antar att samma sak händer för andra typer) innan du inkluderade MySQL-huvudet?
d.v.s. något liknande
...
#define HAVE_INT8_T
#include "MySQL.h"
...
EDIT:Om MySQL.h innehåller något som en "config.h", som skruvar ihop saker igen, kan du försöka att direkt inkludera den config.h, justera sedan de felaktiga definitionerna och inkludera sedan MySQL.h. Det kommer förmodligen att finnas ett inkluderingsskydd runt config.h för att förhindra att det inkluderas igen.