Versioner av MySQL sedan 5.6.7 har secure_auth aktiverat som standard, vilket innebär att en 5.6.7+-klient inte tillåter dig att ansluta om ditt MySQL-användarlösenord hashas med metoden före 4.1. Du sa att du migrerar från en 4.0.24-installation, så ditt MySQL-användarlösenord hashas definitivt med metoden före 4.1.
När du använder mysql kommandoradsverktyg kan du komma runt detta och ansluta till din databas före 4.1 genom att använda --skip-secure-auth kommandoradsalternativ. Till exempel:
mysql -h 127.0.0.1 -u username -p --skip-secure-auth
Tyvärr finns det inget sätt att inaktivera secure_auth i mysql-python.