Det här är inte en permanent lösning, men det är en lösning som kommer att göra jobbet tills någon kommer på något bättre.
Säkerhetskopiera databasfilerna i EMM_HOME/repository/databas regelbundet; och sedan när problemet uppstår, stänger du av tjänsten och skriver över filen WSO2EMM_DB.h2.db med den senaste säkerhetskopieringen.
Något gör att filen WSO2EMM_DB.h2.db blir överuppblåst på något sätt. Detta hände mig ikväll, och den dåliga filen hade en storlek på 49 016 KB, medan den bra filen jag säkerhetskopierade när de senaste ändringarna gjordes har en storlek på 4 872 KB. Det är en ganska betydande skillnad.
EDIT: Jag har kört servern utan att göra några ändringar i och hålla ett öga på filen WSO2EMM_DB.h2.db. Det verkar få ungefär 2 megabyte i storlek varje timme. Först trodde jag att den inte fick storlek i långsam takt, snarare på en gång varje timme, men efter ytterligare experiment upptäckte jag att den faktiskt växer stadigt.