Försökte du använda innobackupex
manus? Det gör det möjligt att köra en levande databas (hot backup) och tar|gzip final backup så att du kan få en mindre fil. Fungerar endast med file_per_table=1
Om du har driftstopp för att flytta databas kan du också försöka optimera tabeller för att återta lite utrymme (särskilt om du har raderat många).
Du kan också tänka på att bli av med vissa data:loggar, arkiv etc och flytta dem senare.