Jag vet att du förmodligen har gett upp ett svar men...
Jag tror att du kommer att upptäcka att det mesta av den extra tiden är att ladda och kompilera PHP-skriptet. om din tidigare app var en apache-modul så är den förkompilerad och alltid laddad, förmodligen skriven i c så väldigt snabbt jämfört med PHP.
Testa att använda en php-accelerator som eaccelerator. som använder delat minne och förkompilerade skript för att ibland dramatiskt förbättra prestandan för PHP-appar.
DC