Har du funderat på att använda mysqlimport? Du kan läsa om det här:http://dev.mysql. com/doc/refman/5.1/en/mysqlimport.html
Jag skulle förmodligen inte göra något med att ta bort de ursprungliga tabellerna, för då måste du återskapa alla dina främmande nycklar, index, begränsningar etc. vilket är en enda röra och en underhållsmardröm. Att byta namn på tabeller kan också orsaka problem (som om du har synonymer för tabellerna, jag är dock inte säker på om mysql har synonymer).
Vad jag däremot skulle göra är att inaktivera nycklarna innan data laddas.
ALTER TABLE tbl_name DISABLE KEYS
Med andra ord, när du laddar data vill du inte att den ska försöka uppdatera index eftersom det kommer att sakta ner belastningen. Du vill att indexen ska uppdateras när laddningen är klar.
Så jag tror att genom att kombinera mysqlimport med tipset ovan så borde du kunna få en riktigt effektiv belastning.