Utifrån din fråga antar jag att du kan arbeta med din databas perfekt men det här felet inträffar ofta efter en viss tidpunkt då anslutningen är uppe...
Om du antar att du använder node-mysql
Källa :https://github.com/felixge/node-mysql #felhantering
Ditt fel avslutar din anslutning till databasen :
// I am Chuck Norris:
connection.on('error', function() {});
Från detta kan du kontrollera anslutningsstatus och utföra en återanslutning om det behövs.
Du kan också försöka ansluta manuellt till din mysql-tjänst och ändra timeout för begäran:
wait_timeout” : the amount of seconds during inactivity that MySQL will wait before it will close a connection on a non-interactive connection in seconds.
http://www.serveridol.com/2012/ 04/13/mysql-interactive_timeout-vs-wait_timeout/
https://support.rackspace.com/how-to/how-to-change-the-mysql-timeout-on-a-server/