Jag kanske väljer att använda LOAD DATA uttalande från MySQL istället för att använda Java:
LOAD DATA LOCAL INFILE '/path/to/your/file.csv' INTO TABLE table;
Detta skulle undvika en stor del av den omkostnad du har för närvarande, förutsatt att du bearbetar varje rad innan du infogar den i MySQL.
Du kan köra en LOAD DATA uttalande från Java med rå JDBC.