Jag tror inte att det du vill ha är möjligt:jag har aldrig sett det gjort, eftersom varje bibliotek (PDO, mysql och mysqli) använder sin egen anslutning till Dabatase -- vilket betyder, som du märker, att anslutningar upprättade med en av dessa delas inte med de andra.
Jag antar att du måste hitta ett sätt att migrera all din kod på en gång – åtminstone för delar som behöver arbeta med samma transaktioner.