JPA tillåter inte entitet gjord av kolumner från flera tabeller?

Jag förstår inte riktigt din inställning.

@SecondaryTable är för att lagra en enstaka enhet i flera tabeller, men i ditt fall har du en mång-till-en-relation mellan olika enheter (var och en lagrad i sin egen tabell), och den bör mappas som sådan:

@Entity 
@Table(name="server") 
public class Server { 
    @ManyToOne
    @JoinColumn(name = "cluster_uuid")
    private Cluster cluster;
    ...
}