Du har ingen aggregeringsfunktion så du bör använda distinkt och inte gruppera efter
SELECT distinct SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
order by pid
och om du bara behöver raderna med siffra
SELECT distinct SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
WHERE `page_url` REGEXP '[0-9]'
order by pid
och för antal rader
SELECT SUBSTRING(`page_url`,-3) as pid
from `prop_log`
WHERE `page_url` REGEXP '[0-9]'
group by SUBSTRING(`page_url`,-3)
order by count(*)