Istället för att försöka bygga objektträdet kan du direkt försöka välja resultatet till en fil:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/select.html
Något som
SELECT * INTO OUTFILE "c:/temp/mycsv.csv"
FIELDS TERMINATED BY ',' OPTIONALLY ENCLOSED BY '"'
LINES TERMINATED BY "\n"
FROM theTable;
Detta bör lämna jobbet upp till mysql och kringgå eventuella php-minnesbegränsningar.
Som venca noterade:I det här fallet behöver användaren som du kör mysql-tjänsten under skrivbehörighet till katalogen i fråga.