Flytta $path = "images/"; inuti for-slingan. Annars lägger du till filnamnet utan att återställa det efter varje iteration. Egentligen behöver du inte alls använda en variabel för det prefixet. Du kan helt enkelt skriva 'images/' . md5(uniqid()) . "." . $ext[count($ext)-1] omedelbart.
För att skriva värdena till databasen kan du antingen köra frågan i varje iteration också eller lägga till sökvägarna till en array som transformeras till den kommaseparerade infogningslistan enligt SQL-syntaxen.