Formulär fungerar bara när du trycker på kryssrutan

Kryssrutor skickas bara in som parametrar när de är bockade. Så du måste använda isset() för att testa om kryssrutan var inställd, inte kontrollera värdet. Så ändra

if ($_POST['stayLoggedIn'] == '1')

till

if (isset($_POST['stayLoggedIn'])