Det är mest troligt att nätverket är avstängt, det betyder att mysql-servern kommunicerar med klienter via UNIX-sockets och inte via TCP/IP. Du kan kolla upp att köra mysql-klienten och köra "status"-kommandot. Om du ser portnummer där så kommunicerar din mysql-server via TCP/IP, annars ser du något som "socket pathname...", hämta sökvägen och ge det till node.js anslutningsparametrar, t.ex.
...socketPathname:'/opt/lampp/var/...',...
Kolla in det i https://github.com/felixge/node-mysql sida (sök efter "socketPathname")
Hoppas, det är ditt problem.