Jag utvecklade mycket av Zend_Db-komponenten för Zend Framework genom 1.0-versionen. Det var målet att adaptrarna skulle fungera identiskt, eller så nära det som kunde stödjas av PHP-tillägget.
Samma uppsättning enhetstester kan köras mot båda MySQL-adaptrarna, med praktiskt taget ingen skillnad. Prestandamässigt finns det ingen mätbar skillnad.
Anledningen till att du skulle välja det ena framför det andra, och den enda anledningen till att vi överhuvudtaget stödde Mysqli, istället för bara PDO_MySQL, är att du behöver distribuera till en PHP-miljö där du inte har PDO-tillägget aktiverat, och du behöver inte har privilegiet att modifiera miljön. Till exempel en värdmiljö för varor.