Transaktioner är atomära endast med avseende på andra databasanslutningar som försöker använda samma data, dvs. andra anslutningar kommer att se antingen nej ändringar som gjorts av din transaktion, eller alla ändringar; "atomic" betyder att ingen annan databasanslutning kommer att se ett mellanläge med vissa data uppdaterade och andra inte.
PHP-kod mellan frågor bryter inte atomiciteten, och det spelar ingen roll var du förbereder dina uttalanden.