Jag fann PDO i många situationer/projekt vara ännu snabbare än de mer inbyggda modulerna.
Främst för att många mönster/byggstenar i en "PDO-applikation" kräver mindre php-skriptdriven kod och mer kod exekveras i den kompilerade förlängning och det finns ett hastighetsstraff när man gör saker i manuset. Enkla, syntetiska tester utan data och felhantering täcker ofta inte denna del, vilket är anledningen till (bland andra problem som t.ex. mätfel) jag tror att "10000x SELECT x FROM foo tog 10ms längre" slutsatserna missar poängen oftare än inte.
Jag kan inte ge dig solida riktmärken och resultatet beror på hur den omgivande applikationen hanterar data, men även syntetiska tester visar vanligtvis bara skillnader så försumbara att du bättre kan spendera din tid på att optimera dina frågor, MySQL-servern, nätverket, ... istället för att oroa sig för PDO:s råa prestanda. Än mindre säkerhet och felhantering ...